Através de uma tecnologia revolucionária que desvenda as suas memórias genéticas, Callum Lynch (Michael Fassbender) vive as aventuras do seu antepassado Aguilar, na Espanha do século XV. Callum descobre que descende de uma sociedade secreta misteriosa, os Assassinos, e acumula conhecimentos e competências incríveis que lhe permitem enfrentar a opressiva e poderosa organização dos Templários nos dias de hoje.